Gin: Es el hombre de negro que hizo tomar el veneno a "Shinichi/Conan", y desde entonces aparece intermitentemente durante todo el desarrollo de la historia. Gin es la mano Izquierda del Jefe de la organización y hermano de Vodka. Entre otras características cabe mencionar que Gin es zurdo y que utiliza una pistola Pietro Beretta. Además conduce un porche 356A y no suele recordar las caras de las personas a las que mato. Ai Haibara lo odia profundamente por haber matado a su hermana.
Vodka: Es miembro de la organización y subordinado de Gin, quien se dirige hacia el como aniki (Hermano mayor). A diferencia de Gin, es fácil de engañar y de no ser por que esta siempre con el lo hubiesen atrapado. Aparece en el primer capitulo y es testigo de como obligan a Shinichi a tomarse el APTX 4869.
Tequila: Apareció en el capítulo 54 y murió también en el mismo capítulo una muerte muy en vano para "Conan", el cual había conseguido una pista sobre la organización; en el futuro Conan casi consigue tener las huellas de "Vodka" gracias a un caso en el que se ve intervino este personaje antes de morir.
Akemi Miyano: Akemi era la hermana mayor de Shiho y no estaba tan puesta en la organización, pero sí trabajaba para ellos con el fin de que algún día las dos pudieran escapar de esa cárcel, apareció y murió en el capítulo 128 a manos de Gin. Con el tiempo se descubre que ella conocía a Shuichi Akai y tal vez había habido algo entre ellos, motivo tal vez por el que "Akai" quería hablar con "Haibara" y no quería que ella descubriera su presencia.
Shiho Miyano (Sherry): Más conocida por su identidad falsa "Ai Haibara", trabajaba para la organización de los hombres de negro y fabricó la droga que encogió a "Shinichi/Conan"(APTX 4869). Luego de que mataran a su hermana Akemi decide escapar tomando la misma droga que Conan. Poco a poco se va enamorando de él pero de una forma más intelectual que física. En muchas partes de la serie se ve que Ran le recuerda mucho a su hermana. Aparece por primera vez en el capítulo 129. Vive con el profesor Agasa y desarrollan una relación bastante peculiar de padre e hija. Como creadora del Veneno llamado APTX4869 que los encogió a los dos, intenta desarrollar un antídoto que en algunas oportunidades hace probar a Conan. También se une al grupo de la liga juvenil de detectives junto con Conan, Ayumi, Mitsushiko y Genta.
Pisco: Apareció en los capítulos del 176 al 178 pero fue asesinado por "Gin" en el Hotel Haido por ordenes de el jefe de la organización, el cual envía a Vermouth como sustituta para el papel de matar a Shiho. Este personaje conocía a los padres de "Shiho & Akemi" y sabía cómo habían muerto en realidad, incluso había descubierto el secreto del veneno de "Shiho", pero no le dio tiempo a hablar.
Kiichiro Numabuchi: Apareció por primera vez en Osaka en el capítulo especial de 1 hora = 118 y reapareció en el episodio 290. En ese mismo capítulo es donde "Conan" se enteró de que era el conejillo de indias de la Organización por boca de "Haibara", con el que probaban las drogas que ella creaba, pero en ese mismo capítulo la policía lo condena a muerte en su pueblo natal.
Vermouth: es una pieza importante en la organización de los hombres de negro. Su verdadera identidad es "Sharon Vinyard", una famosa actriz muy amiga Yukiko Kudo a quien conoció cuando tomaba clases de maquillaje, disfraz y personalización con Toichi Kuroba. Conoce la identidad de "Shinichi/Conan" y de "Shiho/Haibara" pero después de estar a punto de quedar atrapada en la misión para matar a "Sherry", tuvo que hacer un trato con Conan para que dejara en paz a "Shiho". Desde entonces ha mantenido el trato pero se le ha visto envuelta en motivos relacionados con el “Detective Mouri” y eso hace sospechar a "Gin"; también se siente en deuda con "Ran" porque ella, sin saberlo. la salvó de una muerte segura en el caso de "Shinichi en New York" (288) cuando estaba a punto de caerse desde una barandilla de incendios, por lo que desde entonces a "Ran" la conoce como "Ángel" y a "Shinichi" como su "Bala de plata", por que cree que es el único capaz de vencer a la organización y debido a este "afecto", por así decirlo no revela su identidad al resto de la organización.
Atsushi Miyano: Padre de Haibara/Shiho y de Akemi, conocido como el "científico loco" fue el primero en investigar la APTX 4869 y en un principio este medicamento no iba a ser para matar a la gente sino todo lo contrario...
Elena Miyano: Madre de Haibara/Shiho y de "Akemi", mujer británica de pocas palabras, reservada y arisca conocida como "Hell Ángel" (el ángel del infierno) tuvo un accidente de tráfico junto a su marido y los dos murieron, aunque la verdad es que fueron asesinados por un miembro de la organización.
Calvados: Se suicidó con una pistola en el capítulo 345, tras ser disparado por "Shuichi Akai" en piernas y brazos, el cual tenia que matar a "Jodie" de un ataque directo, mientras ella hablaba con "Vermouth" pero se despistó y se dejó pillar por Akai, y para que éste no lo capturada con vida se sacrificó.
Kir: es el miembro de la organización más joven (27 Años) que se esconde bajo la identidad de la presentadora de noticias Rena Mizunashi. Es la hermana de "Eisuke Hondou". EL verdadero nombre de "Rena/Kir" es "Hidemi Hondou" y pertenece a la "CIA" como su padre (que murió), en el File 604(saga de "Choque entre lo rojo y lo negro") revela su identidad y da a conocer que su objetivo es destruir la organización de los hombres de negro infiltrándose desde dentro. La organización ya se la ha llevado del hospital, tras perder a uno de los suyos por el camino, lo cual da que pensar que es una pieza importante para ellos.
Chianti: Francotiradora, que sirve como reemplazo de Calvados tras su muerte. Ella culpa a Vermouth de la muerte de éste, ya que "Calvados" y "Chianti" eran hermanos, y ella sabía lo muy enamorado que estaba "Calvados" de "Vermouth" y como ella se aprovechaba de ello.
Korn: Francotirador, compañero de "Chianti", es un miembro de la organización nuevo, pero domina el rifle como nadie. Su pasado es un misterio de momento, pero es uno de los miembros más viejos en edad que tiene la organización.
Rikumichi Kusuda: Miembro de la Organización que se infiltró en el Hospital Central de Haido en busca de "Mizunashi Rena" (Kir), pero tras ser descubierto y perseguido por "Shuuichi Akai" se suicida, para no ser pillado por el "FBI" igual que hizo "Calvados".
Bourbon: En el capitulo 508 Conan recibe un una llamada de Jodie diciendo que hay un nuevo miembro de la Organización activo, cuyo objetivo, por sus características, podría ser matar a Sherry (Ai Haibara) y su nombre clave es reconocido como "Bourbon". Luego en el capitulo 511, al final, indica que Subaru Okiya puede ser Bourbon, por la "extraña sensación de cuando algún miembro de la Organización esta cerca" que tuvo Haibara. Pero no se sabe a ciencia cierta en realidad quien es